Você já viu aqueles sites que tem uma página de introdução antes de mostrar o conteúdo do site? Normalmente em Flash e que ainda é precisamos clicar para entrar na home?
Esses sites estão atrapalhando o serviço dos robôs dos mecanismos de busca na hora que eles passam pelo seu site. Muitas vezes eles não conseguem seguir sua analise corretamente.
Uma dica muito utilizada na área de SEO é que não devemos usar Flash em partes que queremos indexar. Existem diversas maneiras para dar uma ajudinha para o Flash ser encontrado pelos mecanismos de busca, mas é trabalhoso.
Recomendo que você procure usar JQuery. Dá para fazer muitas coisas legais e, dependendo do que você esta utilizando, o conteúdo é indexado perfeitamente.
Mas isto também não quer dizer que devemos abusar do JQuery, pois dependendo do que estamos fazendo o Javascript não é muito bem lido pelos mecanismos de busca.
Já atendi um cliente grande que teve um aumento de mais de 25% de visitas só removendo a Splash Page do seu site.
Mas ainda existia o problema de que a home era toda em JQuery, deixando um visual bonito, porém a navegação um tanto quanto complicada e com pouco conteúdo para ser indexado. Depois de mais algumas recomendações modificamos o layout da home e houve um novo aumento nas visitas.
Então fique esperto com o Flash e o JQuery. Saiba utilizá-los nos lugares certos!